В связи с этим ИЦ «ЦЗЛ» в своей текущей производственной деятельности уделяет большое внимание вопросам охраны окружающей среды. Разработаны экологические аспекты ИЦ «ЦЗЛ». Ежемесячно на собраниях по безопасности и охране труда освещаются вопросы по охране окружающей среды. В помещениях лаборатории и на территории размещены знаки экологической безопасности. Большая работа проводится по озеленению территории. В составе ИЦ «ЦЗЛ» имеется санитарно-промышленная лаборатория, которая аккредитована в системе аккредитации РК и осуществляет производственный мониторинг в области охраны окружающей среды. Лабораторией осуществляется контроль вредных веществ в воздухе рабочей зоны, на промплощадке, в промышленных выбросах. Эта работа проводится с целью предупреждения негативного воздействия производственных факторов на здоровье производственного персонала. Для определения степени загрязнения атмосферного воздуха проводится его контроль в санитарно-защитной зоне завода на такие компоненты, как углеводороды, диоксид серы, диоксид азота, сероводород, оксид углерода, бензол, толуол, ксилол и т.д. Помимо воздуха, лаборатория контролирует загрязненность сточных вод, поступающих на очистные сооружения с установок завода после технологических процессов нефтепереработки, эффективность работы механических и биологических очистных сооружений, градирен, блоков оборотного водоснабжения, а также сточную воду, отводимую на поля испарения, на такие показатели, как нефтепродукты, фенолы, сульфаты, хлориды, взвешенные вещества, анионные поверхностно-активные вещества, аммонийный азот, азот нитратов, азот нитритов, фосфаты и т.д. 

С 2010 года в целях контроля и мониторинга за качеством атмосферного воздуха и обеспечения экологической безопасности населения в приграничных зонах завода функционируют стационарные автоматические станции контроля качества атмосферного воздуха. Много сил ИЦ «ЦЗЛ» приложил для обеспечения ввода в эксплуатацию стационарных автоматических станций контроля качества атмосферного воздуха и обеспечения их стабильной, надежной работы. Силами ИЦ «ЦЗЛ» обеспечивается бесперебойная работа четырех автоматических станций контроля качества атмосферного воздуха и наблюдение за работой системы экологического мониторинга. Стационарные автоматические станции контроля качества атмосферного воздуха расположены по периметру санитарно - защитной зоны завода. Станции оснащены газоанализаторами на определение содержания в воздухе сероводорода (H2S), окиси углерода (СО), окислов азота (NO, NO2), двуокиси серы (SO2) и суммарных углеводородов. Наблюдение производится удаленно. Информация обновляется с определенным периодом времени. Данные со станций автоматического контроля атмосферного воздуха систематизируются и передаются в отдел охраны природы и Казгидромет Атырауской области.